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お引っ越し
ブログをwordpressに引っ越しました。
ここです

http://xintianwhispering.wordpress.com/
# by ligeia | 2012-03-10 12:47 | Comments(0)
How is a Science paper to be published?
大学の男女共同なんとかプログラムの一環だと思われるシンポジウムが昨日と今日行われた。

印象その1
眠かった
その2
French-Englishの聞き取り、だいぶよくなった
その3
就活しよう

# by ligeia | 2012-01-19 19:23 | 論文 | Comments(0)
大学の20周年記念講演について
もう少し日差しが欲しい10月最初の土曜日。
けいはんなで大学の創立20周年講演会に行ってきた。
けっこう広く宣伝したせいか、700人以上の人が参加し、最寄りから会場まで無料のシャトルバスも運行して、とても助かった。

講演をしてくれたのは今京都大学にいるあの有名な山中先生。
一般市民向けの話で、内容は分かりやすく、先生は実はけっこうユーモアな方だなと思った。

スポースをいろいろされていた先生は自分のケガがきっかけで、外科医となったが、基礎研究をしたら今治せない病気でも治せるようになるのではないかと研究者に方向転換をし、アメリカでES細胞の研究を始めた。4年間の研究生活を経て、大阪に戻ってきた先生はその2年後、奈良先端大の準教授になった。実はアメリカから帰ってきて、日本とアメリカの研究環境の差にしばらく落ち込んでいた時期があった。人ES細胞の確立で、多くの人が先生の研究に興味と理解を示し始めたが、それを根本的に治してくれたのは奈良先端大のすばらしい研究環境と一緒に仕事をしていた学生、技官さんなのだ。

山中先生は奈良先端大に4年間しかいなかったが、その4年間の大切さを謙虚で、感謝の気持ちいっぱいでこれからの夢を語ってくれた。実に20周年の記念にふさわしい講演だと思った。だって奈良先端大に来なかったら、彼はきっと「下手な外科医」に戻ってたに違いない。しかし「未来につなぐ」とか言っときながらいつまでも山中先生を奈良先端大の宣伝に使うのはどうかって文句を言った先生がいた。文句というより、愚痴かもしれない。

visionとwork hard、さえしっかり持てば大丈夫。
これは山中先生が私たちにくれたメッセージであり、励ましの言葉でもあった。講演会が終わって、帰りのバスの中で、ずっと考えていたのだけど、やっぱりピント来なかった。それと、私は何のために生きていて、何を必死で守りたいのかについてもまだちゃんとした答えができないことに気づいた。私が研究が好きなのは、ただの自己満足にすぎない。それも必要かもしれないのだけど、何かもっと遠い先のことにつなぐようなもので肉付けしないと、なんか空を漂う凧のようだ。ただただ空を舞うのを楽しんでいる。

タコはタカにはなれない。
判断力、モチベーション、機敏さ、攻撃力、そして愛情(山中先生がアメリカから連れてきた2匹のネズミに尊敬するボスとその奥さんの名前をつけていた!)
何一つ持ち合わせていない。

焦ってもすぐにはなにも変わらないのは分かっている。でもだからだらだたとしているじゃないか!
30 days challengeというのを3日間しか続かないのであれば、将来を考え直したほうがいいかもだ。
なわけで、
今日から今月いっぱいの30日間
1。毎日論文を読む
2。BBCとCNNのheadlineをチェック
3。新しい英単語を5個覚える
4。野菜を食べて、夜更かしを避ける

簡単だから必ず毎日やることをここで誓います。
あと、今日帰ったら家を綺麗にしよう。小さいことは意外と大事なんだ。

# by ligeia | 2011-10-02 12:37 | 研究生活 | Comments(0)
SNP markers
2009年中国グループの論文
公開されたイネのゲノム配列(japonica とindica両方)を利用して、イルミナの次世代シーケンサーで
low coverageだけど、SNPsを利用したgenotypingを可能にする方法の開発。用いた材料は、150個のRIL。
イネのゲノムはアラビの大体3倍あるので、1laneだと全ゲノムの数%しかカバーできない。でも読めた配列に対してのSNPを解析すればいいから、それでも大丈夫。150個のRILを16個ずつ分けて、その16個をindex付きで1laneに混ぜてSeqする。親は一応60%カバーするように多分2、3lane使ってる。
RILなので、ほぼホモ。genotyping にはwindow slidingという方法を使う。それはSeqエラーとかで、indicaの領域に、japonicaのSNPが混じったりするから。この方法を使うと、3種のSeqエラーが予想される:indexのエラー、Seqエラー、親のSeqエラー。このエラー分析をして、得たパラメーターをgenotyping に使ってる。数式がややこしい。

genotyping終わったらSNP情報をもとに連鎖群を作る。

150のRILはindex付きなので、genotypeとphenotypeと1対1にすることができて、QTL解析ができる。


実際そのあと数ヶ月、この方法で作ったmapとQTL解析の論文がTAGに投稿された。
アクセプトされるまで約1年かかったのはなんでだろう?!


ではRILじゃなくて、F2でも同じ方法は使えるか?
genotyping の結果はヘテロの領域がたくさん現れるので、seqエラーかどうかが区別つきにくいかも。しかも1laneに16サンプルが入ってて、lowカバーになってるからなおさら。
もっとdeepに読んだら問題は解決されるのか???
お金があれば、1laneに混ぜるサンプルを減らす?

親の情報はけっこうしっかりしてないとダメっぽい。アブラナの場合、やっぱりまだ難しいか?!
# by ligeia | 2011-09-19 22:13 | 論文 | Comments(0)
HeLa Cell
Finally I've started this large book in English.
I did this impulse shopping at Amazon weeks or maybe months ago. But just couldn't get the right mood to open it.

I am thinking about being a science writer like Rebecca, or maybe journalist for a science magazine. so I really need to improve my "pen power" and communication skill... Yes, now, I am D3 and I'm not going to think about my graduation as it is this kind of thing that you can only expect but never control.


I've no idea how long it will take me to finish this book, well, should be a long but meaningful journey I will treasure for long
# by ligeia | 2011-09-04 11:36 | | Comments(0)
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植物と日々暮らしていて、その点々滴々を綴り、良い思い出になってくれればと
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